剧情背景设置在1753年至1783年间，这段历史发生在纽约与波士顿的交叉地带。本故事的主角是康纳，一位英美混血儿，他的父亲来自英国，母亲则是美国原住民。在《刺客信条3》中，玩家首先会体验到康纳父亲的生活，随后在第四章将进入康纳的视角，那时他正由莫霍克族抚养长大。当英国殖民者侵占了康纳的村庄并实施了毁灭性的烧毁后，他被迫走上了对抗暴政与圣殿骑士的道路。

本作的核心线索依旧是围绕刺客组织与圣殿骑士之间的斗争展开。游戏进程中，玩家将遇见诸多著名历史人物，包括乔治·华盛顿、本杰明·富兰克林以及查尔斯·李等。特别是康纳与华盛顿之间的关系将成为游戏中的重要剧情线索，而查尔斯·李则扮演着最终BOSS的角色。

除了这些，游戏中还涉及了多部刺客信条系列的主角。首先是戴斯蒙德·迈尔斯，他是每一代刺客信条游戏的核心角色，串起了整个系列的剧情线索。接着是艾吉奥，他在《刺客信条2》和《刺客信条：启示录》中担任主角，展现了他在不同时期——青年、中年到老年的不同阶段。而康纳·肯威则是在《刺客信条3》中扛起大旗的战士，他拥有强烈的道德感和英雄主义精神。

详细来说，《刺客信条1》的主角是戴斯蒙德，他效忠于刺客组织并使用Animus机器追溯其祖先阿泰尔的记忆。《刺客信条2》的主角艾吉奥在目睹家族的悲剧后继承了刺客的使命。《刺客信条3》的主角康纳是个具有深思熟虑和深刻言行的战士。他行动敏捷，如同者一般，潜行攻击敌人。

除了上述角色外，还有一个值得关注的角色——阿基里斯。他在《刺客信条3》中是一个强大的刺客，拥有卓越的格斗技巧和暗杀能力。他曾经是一个奴隶，但凭借自己的才华和勇气被刺客组织所接纳。他不仅是一个出色的战士，还是一个深思熟虑的策略家，能够在复杂的情况下制定出完美的行动计划。

《刺客信条：余烬》讲述了艾吉奥晚年隐居佛罗伦萨的故事。他与家人回到故乡，并在晚年帮助来自中国的女刺客邵云摆脱圣殿骑士的追捕。艾吉奥不仅在思想上让邵云理解了刺客信条的真谛，还陪伴着妻儿度过了美好的时光。

《刺客信条》系列游戏以其丰富的剧情和引人入胜的角色赢得了众多玩家的喜爱。每个主角都有其独特的性格和故事背景，他们的经历和冒险让玩家深感震撼和感动。《刺客信条》系列游戏也以其高自由度和深度游戏体验为玩家带来了极大的乐趣和挑战。