游戏主角是康纳，一位英美混血儿，父亲是英国人，母亲是美国原住民。故事设定在1753年至1783年间，场景主要发生在纽约和波士顿。游戏开场阶段，玩家将体验康纳的父亲，到了第四章就会体验康纳的生活，当时他由莫霍克族抚养长大。在英国殖民者进攻并烧毁了康纳的村庄后，他最终走上一条对抗暴政的道路。

康纳在成长过程中逐渐沦入爱国者起义的洪流，期间与其父为了各自的目的一同铲除圣殿骑士的成员。康纳也与华盛顿等人一起为革命立下汗马功劳，但是因为白人对印第安人的种种暴行最后分道扬镳。

在《刺客信条III》的剧情中，康纳为了新仇旧恨，最终决定孤身一人去追杀查尔斯李。经过一番追逐后，重伤的二人在一所酒馆中对饮一杯。然后康纳手起刀落结束了自己的复仇并夺取了护身符。

接着康纳再次回到部族营地，族人已经离开迁往更深处的内陆。但是却留下了联络装置。先行者告诉康纳藏好护身符，终有一天会有人来取回此物。至此回忆结束。

最终主角打开了遗迹大门，却发现等待他的只有更多坑爹阴谋。原来这里不仅是拯救世界的关键，还封印的是已经数字化的一位先行者的意识，启动装置可以拯救世界但是同时会释放她。这个先行者会再次奴役世界。

戴斯蒙决定先拯救世界（没得选），因为他坚信终会有人站出来消灭这个魔头。最终他因启动装置而被烤的外焦里嫩。他的父亲和其他人得以幸免。字幕中再次出现影像，被释放的先行者说道“你很好的扮演了自己的角色，现在，该我了“（新魔头诞生）。

字幕放完会再次出现康纳的剧情，他将仇人的照片扔进壁炉，走出房门后便是自由模式。